Ну, пришло время разобраться:

Искать ответ можно при помощи правил русского языка. Можно разложить словосочетание "что(ль)" на два слова: "что" и "ль".
Слово "что" в зависимости от смысловой нагрузки предложения, может быть местоимением, союзом и частицей.
Слово "ль" - это частица. Данную частицу обычно пишут отдельно от других слов.
Для слова "что(ль)" это тоже справедливо, поэтому их следует писать раздельно: "что ль".

 
Пример:

Тут все просто, то, либо, нибудь пишем через "-"! ТОЧКА!

Пример:

Это очень важно, сынок, и ни одна живая душа не должна знать об этом. Купи с собой припасов и жди у входа в храм, но сначала вставь сверток между старых камней, в какую-нибудь щель с восточной стороны, эта стена смотрит на священный Эльхидоран, так что думаю разберешься.

Отрывок из романа Альтеро. (с) Аджони Рас.